La ESEE es una investigación estadística que, desde 1990, encuesta anualmente un panel de empresas representativo de las industrias manufactureras. Su diseño es bastante flexible y está adaptado a dos tipos de usos potenciales. Por una parte, permite conocer y analizar en profundidad la evolución temporal del sector industrial a través de múltiples datos sobre la actividad y las decisiones de las empresas del sector. La serie de publicaciones anuales editadas por el Ministerio de Industria, Turismo y Comercio, con título Las empresas industriales en (año), es un ejemplo de este tipo de aplicación. Por otra parte, el diseño de la ESEE está  pensado para generar información microeconómica de panel adaptada a la especificación y contraste de modelos econométricos derivados de la teoría económica.

La ESEE tiene su origen en un acuerdo suscrito en el año 1990 entre el Ministerio de Industria, Turismo y Comercio (entonces Ministerio de Industria y Energía), y la Fundación SEPI (antes Fundación Empresa Pública), que se responsabilizó de su diseño y control de la realización a través del Programa de Investigaciones Económicas. Desde dicha fecha se han encuestado  una media anual aproximada de 1800 empresas, a  partir de un cuestionario de 107 preguntas, con más de 500 campos, que incorpora además información sobre sus Cuentas de Resultados y Balances Contables. Desde el año 2002 la dirección técnica de la ESEE es ejercida por Diego Rodríguez, profesor de economía de la Universidad Complutense de Madrid. El trabajo de campo se realiza por parte de una empresa especializada.