La Fundación SEPI fue creada por el Instituto Nacional de Industria el 10 de marzo de 1964 con el nombre inicial de Fundación Santa María del Espíritu Santo; posteriormente se cambió su denominación de forma sucesiva por la de Fundación del Instituto Nacional de Industria y Fundación Empresa Pública.

De conformidad con el artículo 44 de la Ley de Fundaciones 50/2002, de 26 de diciembre y del artículo 2 apartado 1.f) de la Ley General Presupuestaria 47/2003, de 26 de noviembre, tiene la condición de Fundación del sector público estatal, por haberse constituido con una aportación mayoritaria de la entidad pública Instituto Nacional de Industria, sucedido en la actualidad por la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (SEPI). La Fundación figura inscrita en el Registro de Fundaciones del Ministerio de Educación y Ciencia con el número 42, lo que conlleva el reconocimiento por el Estado del interés general de sus fines.

Por acuerdo adoptado el 27 de junio de 2002 por su Patronato, los estatutos fueron objeto de una amplia modificación, que fue inscrita en el Registro de Fundaciones del Ministerio de Educación y Ciencia con fecha 3 de octubre del citado año. Posteriormente, por sendos acuerdos del Patronato de fecha 9 de diciembre de 2004 y 16 de febrero de 2005, se aprobó una ulterior modificación de los citados estatutos con la finalidad de adaptarlos a lo establecido en la Ley 50/2002, de 26 de diciembre, de Fundaciones y a las necesidades actuales de funcionamiento, modificaciones que fueron inscritas por Resolución de fecha 9 de junio de 2005 en el anteriormente citado Registro de Fundaciones.

Pueden ser beneficiarios de la Fundación cualesquiera personas físicas o jurídicas, españolas o extranjeras, que tengan relación con los fines fundacionales o interés en los mismos. La finalidad fundacional debe beneficiar a colectividades genéricas de personas.

El gobierno, administración y representación de la Fundación se confían al Patronato, nombrado con sujeción a lo dispuesto en el Título II de sus estatutos, cuya presidencia recae en el Presidente de la Sociedad Estatal de Participaciones Industriales (SEPI). Con fecha 14 de noviembre de 2002 y con arreglo al artículo 17 de los estatutos, se constituyó un Comité Ejecutivo en el que el Patronato delegó todas sus facultades, salvo las indelegables por ley.

Como Fundación del sector público estatal, se rige por sus Estatutos y por la siguiente normativa:

• Ley 50/2002 de 26 de diciembre, de Fundaciones.
• Ley 49/2002 de 23 de diciembre, de régimen fiscal de las entidades sin fines lucrativos y de los incentivos fiscales al mecenazgo.
• Ley 47/2003 de 26 de noviembre, General Presupuestaria.
• Real Decreto 1337/05 de 11 de noviembre, por el que se aprueba el Reglamento de fundaciones de competencia estatal.
• Real Decreto 1611/2007 de 7 de diciembre, por el que se aprueba el reglamento del registro de Fundaciones de competencia estatal.
• Real Decreto 776/1998, de 30 de abril, por el que se aprueban las normas de adaptación del Plan General de Contabilidad a las entidades sin fines lucrativos y las normas de información presupuestaria de las mismas.
• Ley Orgánica 3/2007, de 22 de marzo para la igualdad efectiva de mujeres y hombres.